复杂网络与复杂系统专委会在中国工业与应用数学学会第五届和第六届理事长郭雷院士的力荐下于2008年成立，挂靠于中国科学院数学与系统科学研究院。专委会的历史最早可追溯到香港城市大学陈关荣教授2004年在无锡主持举办的首届中国网络科学论坛组委会和2005年在武汉大学举办的首届全国复杂网络大会组委会。专委会的雏形是一个非官方的学术组织，起初的主要目的是组织每年一届的中国网络科学论坛和全国复杂网络大会，推动复杂网络科学研究在中国的发展。后来会议组织得非常成功，郭雷院士力荐复杂网络两会的组委会在中国工业与应用数学学会里面成立官方的专委会，更好地推动复杂网络在中国的发展。首届专委会主任是陈关荣教授，副主任兼秘书长是吕金虎研究员，其他副主任包括方锦清研究员、陆君安教授、陆启韶教授、汪秉宏教授和汪小帆教授。专委会经过十几年的发展取得非常大的成功，专委会成员汪小帆、吕金虎、段志生、李翔、林伟、王震先后获得国家杰出青年基金。